živiny

Po strávení prostupují živiny hraniční membránou do cytoplazmy, zatímco neztrávený zbytek zůstává uvnitř a tento útvar se označuje jako tzv. terciální lyzosom. Terciální lyzosomy obsahují většinou hrubě granulární, vysoce denzní materiál, který může být z buňky vyloučen exocytózou a nebo zůstává v cytoplazmě buňky jako tzv. reziduální tělísko.
Další funkcí lyzosomů je obměna cytoplazmatických komponent, při které dochází k uzavření nepotřebných a opotřebovaných organel (například mitochondrií, úseků endoplazmatického retikula) do vakuol. Tyto vakuoly splývají s primárními lyzosomy a vznikají sekundární lyzosomy, tzv. autofagosomy. Strávené organely jsou v autofagosomech následně buňkou recyklovány, což umožňuje obnovu a rekonstrukci cytoplazmatických komponent.