Základním rozdílem, který je zřejmý z použitého označení, je fakt, že tubus monokulárního mikroskopu obsahuje pouze jeden okulár a u binokulárního dva. Další rozdíly jsou mezi oběma typy mikroskopů uvedeny níže při popisu jejich některých stavebních komponent. V dolní části tubusu nad stolkem se nachází revolverové zařízení, ve kterém jsou upevněny tři objektivy. Otáčením revolverového zařízení lze libovolný objektiv nastavit do optické osy mikroskopu.