Tvar výběžků, jejich počet a uspořádání závisí především na typu buňky a na stupni její metabolické aktivity. Mitochondrie s velkým počtem krist jsou charakteristické pro vlákna příčně pruhované kosterní svaloviny, buňky myokardu, exkretorické buňky pankreatu, aj.
Podle struktury krist rozeznáváme čtyři základní druhy mitochondrií (viz. obrázky níže):