Mikroskopicky

sestávají chromosomy ze dvou podélných a od sebe oddělených polovin, chromatid. Obě chromatidy jsou spojeny v místě nazývaném centroméra. Tato oblast je na chromosomu patrná nápadným zůžením (primární konstrikce) a slouží k úponu mikrotubulů dělícího vřeténka. Podle polohy centromery se rozdělují chromosomy na několik typů : metacentrické, submetacentrické, akrocentrické nebo telocentrické (viz. obrázek Základní typy chromosomů).Na některých chromosomech lze nalézt kromě primární konstrikce rovněž sekundární konstrikci, která je místem vzniku jadérka (organizátor nukleolu). Sekundární konstrikce přitom rozděluje jedno z ramének chromosomu na dva segmenty nestejné délky, z nichž kratší se nazývá satelit.