Přímé (mikroskopické) metody využívají počítání buněk v mikroskopickém preparátu. Při nepřímém (kultivačním) stanovení buněk zjišťujeme počet životaschopných buněk pomocí počítání kolonií na agarových plotnách. Výhodou mikroskopického počítání je rychlost získání výsledků, získané výsledky však zahrnují jak živé, tak i mrtvé buňky. Kultivační metody jsou nákladnější a časově náročnější, poskytují však obraz o skutečném fyziologickém stavu kultury.