Přímé stanovení počtu mikroorganizmů mikroskopickým počítáním

K počítání pod mikroskopem se používají suspenze o vhodné hustotě, preparáty bez úpravy nebo upravované fixací či barvením. K pozorování nezbarvených buněk se používají upravené mikroskopické techniky, např. fázový kontrast.

Pro počítání mikroorganismů se používají různé typy počítacích komůrek (Thomova, Bürkerova, Vošahlíkova). Všechny se skládají ze silného podložního skla s vyrytou sítí čtverečků a krycího skla, které se pokládá na boční lišty, čímž vzniká mezi sklíčky prostor o přesně definované hloubce. Pokud nemáme k dispozici komůrku, můžeme počítat mikroorganismy v zorném poli a přepočítáme na plochu krycího skla, pracujeme se známým objemem suspenze.